鄭成功施行「寓兵於農」的屯兵墾田政策,其與久居於此地的原住民並未協商,抑或是建立條約;在原住民族眼中,軍隊駐紮開墾的規劃,是遠比荷蘭殖民時期更加明目張膽的土地強奪,尤其平埔原住民族面臨的逼迫更為嚴重。鄭氏屢次企圖擴張屯墾區域、入侵領土。抗爭最為慘烈屬1670年大肚邦聯的「沙轆社之役」,最後拍瀑拉族僅6人倖存,大肚社族人退守山區或遷往埔里水里社。與其說是統治,鄭成功到臺灣的目的實際偏向占領,並以臺灣作為反清基地。
清帝國在1683年(康熙22年)平定鄭氏後,漢移民人口快速成長,漢人越界侵墾、與官紳勾結、將「番地」登記為無主荒地,再升科私有土地等情況罄竹難書。儘管清政府訂定禁止買賣平埔原住民族土地,甚至豎石限界,但殖民者因忌憚民亂,卻選擇忽視與犧牲平埔原住民族之權利。